明楊院においては、学部をまたがった合同授業も行われています。
特に第一学士は学部は分かれているものの、官吏としての基礎的教養を学ぶ学年であるため、
ほとんどの授業が他学部との合同授業になります。
第二学士では専門性が増し、学部ごとの授業が増えます。
とはいえ、官吏としての基礎的教養は引き続き行われるため、こちらも合同授業が多くなります。
また、専門性を活かすための合同授業もあります。
例)
火部・木部：軍略と実践
土部・水部：国家と祭礼
金部・水部：風土と文化 など。
第三学士では、卒業試験及び官吏登用試験に向けての勉強が主になり、
各学部での授業がほとんどになります。